當談及育苗水中的肥料時，從事有機煙草栽培的人需要了解鳥兒糞便的事。在漂浮育苗系統中，海鳥的糞便是美國有機煙草種植者主要使用的肥料。由于海鳥糞在育苗水中的溶解速度要比傳統肥料更慢一些，因此必須要多加關注施肥、水質監控和通風的時機。
目前，相比于其他肥料，使用海鳥糞能培育出更加強壯健康的煙苗。了解海鳥糞使用前后的細節，對有機溫室煙苗栽培成功至關重要。
要想有效利用海鳥糞，就不得不溶解它，以便煙苗能夠充分吸收其中的氮?？茖W家向煙草種植者們建議，要么購買粉末狀的海鳥糞，要么自己進行碾磨粉碎。
在使用之前，要把粉末狀的海鳥糞浸入溫水中，并進行攪拌加快溶解。這樣做提高了海鳥糞顆粒的表面積，使其吸收性更好。使用潛水泵幫助溶解并分散開海鳥糞顆粒，同時向水中加入氧氣。多加氧氣能夠增強硝化作用，把氨變成亞硝酸鹽，亞硝酸鹽變成硝酸鹽，這是煙苗需要的肥料。氨大量轉化成硝酸鹽后，也減少了水中碳酸氫鹽濃度，降低水的堿性。
在育苗之前，煙草種植者必須監控他們育苗水中碳酸氫鹽的濃度。育苗水中的海鳥糞經常導致碳酸氫鹽含量偏高，這會造成水的pH升高。pH升高會限制煙苗所需營養的供給，進而影響其健康和活力。在育苗之前，如果發現水源中的碳酸氫鹽含量很高，煙草種植者可以使用經過批準的有機酸化劑進行調節。
海鳥糞緩慢釋放營養的特點，意味著對它的管理與傳統方式不同。把海鳥糞分兩次施加，可以防止煙苗過度暴露于鹽、尿素、碳酸氫鹽和亞硝酸鹽的水質中。將有機材料審查機構允許使用的硝酸鈉與海鳥糞一起使用，可以限制產生過量的磷。
用海鳥糞做肥料可能導致作物中鈣硼含量不足。雖然在用海鳥糞做試驗時，研究人員還沒有看到鈣和硼的含量很低，這可能是因為這些營養物質在的水源中濃度較高的原因。北卡羅來納州州立大學煙草推廣專家馬修·范恩（Mathew Vann）說：“在鈣硼含量超標之前，煙農們的做法非常聰明，他們收集日常用水（施肥前的水和施肥后的水）和煙苗組織樣本進行觀察分析，來識別任何可能出現的問題。”如果懷疑微量元素比如鈣和硼含量不足，添加石膏可以補充鈣和硫。
專家提醒，不要把石灰添加到育苗水中，因為石灰也會提高水的pH，就像碳酸氫鹽偏高一樣，導致植物吸收不到養分。
范恩說：“在美國，目前可以替代海鳥糞的肥料經過試驗證明效果不理想，而那些具有同樣潛力的肥料還沒有得到有機煙草買家的許可，目前還不能使用。”
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